Vào giữa thập niên 1980, Microsoft và IBM thành lập một dự án hợp tác để ra hệ điều hành đồ họa thế hệ tiếp theo. Kết quả của dự án là OS/2, nhưng cuối cùng Microsoft và IBM bất đồng về nhiều vấn đề quan trọng và sau đó đã chia rẽ. OS/2 tiếp tục là một dự án của IBM. Còn Microsoft bắt đầu phát triển hệ điều hành Windows NT. Hệ thống tập tin HPFS của OS/2 có một số tính năng mới quan trọng. Khi Microsoft tạo ra hệ điều hành mới, họ đã vay mượn nhiều khái niệm cho NTFS. Có lẽ do có chung nhiều khái niệm nên HPFS và NTFS có cùng mã phân loại nhận dạng phân vùng ổ đĩa (07). Có cùng một số nhận dạng là không bình thường khi có tới hàng chục mã có sẵn, và các hệ thống tập tin ổ đĩa lớn khác có mã của riêng chúng. FAT có hơn 9 mã (mỗi mã cho FAT12, FAT16, FAT32, vân vân). Các thuật toán trong đó xác định hệ thống tập tin trong một kiểu phân vùng 07 phải thực hiện kiểm tra bổ sung. Đây cũng rõ ràng rằng NTFS cũng dùng chung thiết kế kiến trúc cho Files-11 được sử dụng bởi VMS. Điều này hầu như không đáng ngạc nhiên khi Dave Cutler là người đứng đầu của cả VMS và Windows NT.